Stefan Werni begann 1989 eine klassische Musikausbildung an der Musikhochschule Köln. Er arbeitet seitdem mit Musikern und Gruppen aus den Bereichen Jazz, Neue Musik und elektronische Musik zusammen. Er tourte 1987 mit Eckard Koltermann durch Israel und trat mit Gruppen wie Collage 12 (mit Eckard Koltermann, Reiner Winterschladen, Stefan Bauer und Simon Nabatov), Das letzte Kammerensemble (mit Christoph Hillmann und Andreas Wahl) oder Trio Infernal – Die gute Band bei Konzerten und Tourneen sowie Rundfunkaufzeichnungen im In- und Ausland auf.

Seit 1988 ist er Mitglied des Trios Take Nat (mit Manfred Billmann und Manfred Portugall) bzw. Take Nat plus one (mit Billmann, Portugall und Herwig Barthes). Als Jazzmusiker spielte er auch mit Sheila Jordan, Charlie Mariano, Lee Konitz, Bill Elgart, Tony Scott und konzertierte auch bei den Leipziger Jazztagen, dem Jazz Festival Viersen, im Olympiapark Atlanta/USA und in der Townhall Akkon/Israel.

Zudem ist er in Produktionen des Fernsehens zu sehen und war an Theatermusiken am Schlosstheater von Moers und am Schauspielhaus Bochum beteiligt.

Seit 2002 beschäftigt sich Stefan Werni als Instrumentalist und Komponist in dem Projekt Werni & Jendreiko (mit Christian Jendreiko und Ralf Skubowius) verstärkt mit elektroakustischer Raum-Musik, Sounddesign und 64-kanaligem Live-Processing.

Stefan ist Mitglied bei pole, beteiligt sich am Symposion TiefeTöne und macht beim Tieftonorchester mit.